Linux和测序

单细胞测序入门:Seurat 完整流程(raw counts → UMAP)全注释

单细胞测序入门:Seurat 完整流程(raw counts → UMAP)全注释

单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)是过去几年增长最快的生命科学技术之一,Seurat 是目前最主流的分析 R 包。这篇把完整流程从原始计数矩阵到 UMAP 聚类每步都注释清楚,适合刚入门的人参考。 安装和加载 # 需要 R 4.1 及以上,Seurat v5 install.package

未知作者 未知作者 2026-05-22
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ggplot2 科研配色方案:5 套可直接用的代码

ggplot2 科研配色方案:5 套可直接用的代码

图做得好不好看,配色占了一半。科研图还有额外要求:色盲读者可识别,灰度打印仍可辨别,符合期刊分辨率。下面是我写论文时积累的 5 套实用方案,每套附完整 R 代码。 为什么不用 ggplot2 默认配色 ggplot2 默认的彩虹色轮有两个硬伤:红绿色盲无法区分(全球约 8% 的男性),且打印成灰度

未知作者 未知作者 2026-05-15
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科学上网v2ray一键安装脚本

科学上网v2ray一键安装脚本

本文给出的 V2Ray 一键脚本支持 IPv6 only 服务器,但是不建议大家用只有 IPv6 的 VPS 服务器来进行科学上网。 以上全部完成之后输入以下命令进行安装 V2Ray 多合一一键脚本(建议大家复制命令后进行粘贴): bash <(curl -sL https://sunqi

sunqi.org sunqi.org 2021-09-10
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单细胞数据的查找与下载

单细胞数据的查找与下载

花了两天时间快速的看了一下单细胞的入门视频,于是兴冲冲的就想了两个方案就准备开搞了。没想到第一步就被拦住了 是的,没错,就是卡在了找数据的阶段。不得不说,现在的单细胞数据跟已经比较成熟的TCGA比起来还太弱鸡了。我在GEO上以肺癌作为关键词搜索单细胞的数据,没想到只有20来个内容,这么少的数据

sunqi.org sunqi.org 2021-01-13
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单细胞课程笔记 01

单细胞课程笔记 01

单细胞RNA测序的本质:结构样本中细胞类型的构成 以及 不同一般的基因表达特征 (每一个细胞的每一个基因的表达量) Read this article in English → 相关阅读单细胞数据的查找与下载单细胞测序入门:Seurat 完整流程(raw counts → UMAP)全注

sunqi.org sunqi.org 2021-01-10
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